NODS-CoV-2 : Simuler les risques d’infections nosocomiales par le SARS-CoV-2
Le virus SARS-CoV-2, responsable du Covid-19, se transmet en milieu hospitalier ; il est donc important d’y comprendre et d’y estimer les risques de circulation, pour mettre en place des mesures de prévention. Tel est l’objectif du projet NODS-Cov2 (Nosocomial Dissemination risk of SARS-CoV-2), porté par Didier Guillemot du groupe de recherche « Échappement aux anti-infectieux et Pharmacoépidémiologie (Université Paris-Saclay, UVSQ, Inserm) et Épidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens (Institut Pasteur), qui a reçu début avril un financement dans le cadre de l’appel à projet ANR Flash Covid-19.
On le sait désormais, limiter les contacts est essentiel pour réduire la propagation de l’épidémie de Covid-19. Mais comment le faire en milieu hospitalier, où les soignants interagissent régulièrement entre eux et avec les patients ? Pour estimer le risque de diffusion du virus dans ce milieu, Didier Guillemot et son équipe, qui travaillent habituellement sur les bactéries résistantes aux antibiotiques et leurs conséquences en santé publique, vont mesurer les contacts s’y faisant. Pour cela, une équipe d’investigateurs, composée d’étudiants et d’étudiantes en médecine et d’élèves sages-femmes, va parcourir divers établissements hospitaliers de France et équiper de capteurs soignants et patients pendant 48 heures pour détecter leurs contacts. « Les capteurs, conçus en partenariat avec Inria, seront déployés dans différentes unités, de réanimation, de médecine, de néonatalogie… pour mesurer et caractériser les structures dynamiques des contacts au sein des différents services », précise Didier Guillemot.
La multidisciplinarité, essentielle au projet
Cette phase d’investigation s’articule avec le programme de simulation MOD-Cov, menée par Lulla Opatowski, membre du même groupe de recherche. Ces simulations permettront d’estimer à partir des données récoltées le risque de dissémination du SARS-CoV-2 dans les hôpitaux, et de prévoir sa diffusion en fonction de différents scénarios. Cela aidera à mettre en place les modalités de réorganisation à l’hôpital ou les flux de soignants au sein des unités en période de déconfinement. L’équipe a également bénéficié de l’accompagnement de l’unité de recherche clinique AP-HP Paris Saclay et de la Direction de la recherche clinique et de l’innovation (DRCI) de l’AP-HP. « Elles nous ont grandement aidés à rédiger les protocoles, organiser les aspects réglementaires, faire le lien avec le comité de protection des personnes et la CNIL, ce qui nous a fait obtenir des avis favorables en quelques jours », souligne Didier Guillemot.
Une méthodologie déjà utilisée
Ce système de suivi des contacts, grâce à des capteurs équipant soignants et patients, a déjà été utilisé il y a dix ans par l’équipe dans un hôpital de l’AP-HP. « Nous avions alors réalisé des avancées importantes sur la compréhension du risque de dissémination des bactéries résistantes en milieu hospitalier : par exemple, nous avions constaté que toutes les bactéries multirésistantes n’avaient pas la même capacité à se diffuser. » La technologie avait aussi aidé à prévoir la dissémination à partir de simulations. Aujourd’hui, le même type de simulateur est prêt à être réutilisé pour exploiter les données issues de l’investigation.
Les premiers résultats sont attendus dans quelques semaines. « Nous allons diffuser en priorité ceux utiles à la gestion de l’épidémie à l’hôpital sur le court terme », indique Didier Guillemot.
Ce projet est mené en partenariat avec les hospices civils de Lyon, les hôpitaux universitaires de Bordeaux, l’assistance publique - hôpitaux de Paris (AP-HP), l’Inserm, l’UVSQ, l’Université Paris-Saclay, l’Institut Pasteur, l’Université de Bordeaux, l’Université de Lyon/CIRI, Inria.